ده‌ها سال، عقیده کاذب فراگیری وجود داشته است که قلیان‌های آبی از سیگار خطر کمتری دارند. دود استنشاق‌شده از قلیان، نه تنها همه مواد سرطان‌زای دود سیگار را داراست، بلکه مونوکسیدکربن بیشتری هم دارد. به علاوه دود قلیان مجموعه‌ای از مواد سرطان‌زای دیگر هم دارد که ناشی از سوختن زغال است و خطر انتقال بیماری‌های عفونی مانند سل و هپاتیت از قطعه دهانی مشترک قلیان هم وجود دارد.

 قلیان به طریقی متفاوت دود تولید میکند: دود سیگار از سوختن تنباکو ایجاد میشود، در حالی که دود قلیان از طریق گرم شدن تنباکویی که در کاسه ی بالای آن قرار دارد از طریق زغال تولید میشود. 

  قلیان فرآورده‌ای است که نیمی از مردان ایرانی و ۳۷درصد زنان، آن را تجربه کرده‌اند. در مطالعاتی که از سوی مرکز تحقیقات پیشگیری و کنترل دخانیات انجام شده، ۲۳ درصد سیگاری‌ها حداقل یک بار در هفته قلیان مصرف می‌کنند. این رقم در غیر سیگاری‌ها ۲۵ درصد است و این بدین معناست که غیر سیگاری‌ها حتی بیش‌تر از سیگاری‌ها در حال مصرف قلیان هستند و به سمت اعتیاد به آن پیش می‌روند.

سازمان بهداشت جهانی (WHO)، ضمن برشمردن مضرات و خطرات استفاده از قلیان اعلام کرده است: قلیان جایگزین مناسبی برای سیگار نیست. WHO در گزارش خود، کشورها را به تحریم مصرف دخانیات در مکان های عمومی ترغیب کرده و تاکید کرده است که برخلاف باورهای باستانی و اعتقاد عمومی، دودی که از قلیان خارج می شود حاوی مواد سمی متعددی است که از جمله عوامل شناخته شده ایجاد سرطان، بیماری های قلبی و امراض دیگر هستند.

بالا رفتن محبوبیت قلیان تا حد زیادی به دلیل تبلیغات بی پایه ای است که درباره سالم بودن آن در بازار تجاری بر سر زبان ها افتاده است. تحقیقات نشان می دهد، برخلاف تصور مردم، کشیدن قلیان بیش از سیگار برای سلامتی مضر است. سازمان های بهداشتی اروپا هم هشدار داده اند، افرادی که در معرض دود “دست دوم” قلیان قرار می گیرند نیز در معرض خطر ابتلا به همان بیماری هایی هستند که افراد غیر سیگاری در معرض دود دست دوم را تهدید می کند. این سازمان ها همچنین هشدار داده اند که دود قلیان در دوران بارداری نیز می تواند خطرات فراوانی برای جنین داشته باشد.